L'Histoire de Naruto Shippuden

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De retour 2 ans plus tard, Naruto qui avait quitté le village de konoha afin de poursuivre son entrainement avec Jiraya a bien grandit.

On apprend que tous ses camarades sont passés chunin voire même ninja de rang supérieur pour Neji et Kankuro. Gaara est même devenu Kazekage et la montagne ou sont sculptés les visages des Hokage aussi a changé puisqu'on y voit maintenant le visage de Tsunade la 5ème Hokage.

Maintenant, l'histoire se concentre plus sur l'organisation mystérieuse nommée "Akatsuki". Ils iront même jusqu'à enlever Gaara afin de lui extraire son Biju. Le village de Suna lance un appel à l'aide au village de Konoha qui envoie immédiatement une équipe formée de Kakashi, Naruto et Sakura qui seront ensuite rejoints par l'équipe Gaï.

Ensemble, ils parvinrent à déjouer les pièges de l'Akatsuki et à récupérer Gaara malheureusement mort suite à l'extraction de son Biju. C'est Chiyo, la grand-mère de Akasuna no Sasori qui donna sa vie à Gaara via une technique interdite qui lui demanda beaucoup d'efforts, elle y parvint avec l'aide du chakra de Naruto qui lui pretta ses forces, Chiyo mourrut à la place de Gaara qui revint à la vie sous les acclamations des villageois de Suna.

Quelques temps plus tard, une guerre éclata entre l'Akatsuki et les 5 villages ninjas regroupés.